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巴马香猪的选种严格来说要根据遗传性状的遗传力和他们之间的相互关系来进行，主要有综合评分法、单性状选择法、独立淘汰法、窝选法和指数选择法等五种。在这些选择方法中，比较实用于生产实际的是综合评分。综合评分法又包括系谱选择，个体选择，后裔和同胞测定及综合评定等四种，但是在生产实践中，作为商品生产所用的种猪，要求不如品改工作那么严格，商品生产所研究的是速度和效益，所以主要通过个体选择的方法来选定后备种猪，并在实践中采取淘劣取优的方式确定生产种猪群。总之，作为巴马香猪，种猪来源必须具备清楚的血缘，具备巴马香猪矮小，结识，圆匀，早熟等特点。
个体选择的具体方法是：
1、在体型外貌上必须符合巴马香猪的特征；巴马香猪的主要特征是：体躯短、胸宽，背腰平或略凹，腹线平直或稍下垂，屁股圆，尾根高，尾巴细，肩紧贴体躯，四肢短小而结实；乳头圆匀不很显露，排列有序；被毛细、软、短而光亮，主要呈两头黑中间白，有部分个体稍带黑斑（选公猪时不能有黑斑），结构紧凑匀称，腹围较大。
2、生产性能评定：产仔后从产仔数、初生重、泌乳力、断奶窝重及仔猪的均匀度等各方面进行综合评定。
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